①二者的機構性質不同，認證工作由第三方機構進行，因此認證機構必須是獨立的，也可以是非獨立機構。
    ②二者的需求量不同，由于我國企業數量眾多，對咨詢機構的需求大于認證機構。
    ③二者的工作內容、履行的職責不同，認證機構的職責是依據ISO14001環境管理體系標準，按照審核程序對申請組織進行認證，通過頒發認證證書來證明提出認證申請的組織符合相應標準的要求。咨詢機構的職責是根據申請組織的要求，按照相應標準幫助組織建立環境管理體系，提供相關咨詢、培訓服務。為保證認證工作的公平性，認證機構不能承擔咨詢工作。